胞嘧啶碱基编辑器(cytosine base editor, CBE)是由四个关键成分构成的:dCas9蛋白、sgRNA、胞嘧啶脱氨酶(cytidine deaminase)和尿嘧啶DNA糖基化酶抑制剂(uracil DNA glycosylase inhibitor, UGI)。这些成分在细胞内组合成融合蛋白,随后在sgRNA的指导下与基因组DNA结合,使得靶序列暴露为单链结构。接着,胞嘧啶脱氨酶将单链上的胞嘧啶(C)转变为尿嘧啶(U),通过DNA的复制或修复途径,U最终被转化为胸腺嘧啶(T),实现C-G碱基对向T-A碱基对的直接转化。
在CBE过程中,研究人员利用产生的中间产物脱氧尿嘧啶(dU),开发了一种名为Detect-seq的CBE体外脱靶检测技术。这项技术首先需要提取经过碱基编辑的细胞基因组DNA,将CBE过程生成的dU进行生物素(biotin)标记,以便富集特定片段。同时,在dU位点下游,将正常的胞嘧啶C替换为5-醛基胞嘧啶(d5fC),随即将d5fC化学标记为T。通过这种方法,测序时会出现多个串联的C-to-T突变,使得研究人员能够快速定位碱基编辑的具体位点。
与GUIDE-seq、Digenome-seq和Cas-OFFinder等技术相比,Detect-seq具备更高的灵敏度和特异性,同时检测过程中没有偏好性。这意味着,Detect-seq不仅能够检测Cas9依赖型和非依赖型的脱靶,还可以识别sgRNA结合区域外的编辑(out-of-protospacer edits)及靶向链编辑(target-stranded edits)导致的脱靶现象。
在过去两年里,俄罗斯专享会294建立了一站式基因编辑安全性评估平台,涵盖了靶点设计、靶点筛选、GUIDE-seq脱靶检测(细胞基础检测)、AID-seq脱靶检测(生化检测)、Detect-seq脱靶检测、脱靶验证、PEM-seq染色体重排检测、载体插入位点检测(升级版LM-PCR及液相杂交捕获测序)、克隆扩增分析、转录组脱靶检测、全基因组测序(WGS)脱靶检测等多种技术管线。此外,俄罗斯专享会294还拥有SGS认证、ISO9001质量体系认证及生物安全二级实验室的资质认证,能够为客户提供持久、稳定的优质、高效、安全的服务及产品。